SCOBY (Symbiotic Culture of bacteria and Yeast) består av cellulosa, jäst och bakterier somfermenterar socker till olika syror. Jästen bryter ner socker i kombuchan till etanol och koldioxid. Mjölksyrebakterier och ättiksyrabakterier bryter sedan ner etanolen till olika syror och sänker pH i lösningen. För att bakterierna ska kunna metabolisera etanolen krävs det syre. Lämpligt nogbildar bakterierna cellulosa som lägger sig som en bakteriefilm på vätskans yta innehållandebåde jäst och bakterier, alltså SCOBY.
Ett lågt pH är viktigt för att icke önskvärda bakterier ska tillväxa i kombuchan. För att sänka pH vid start av fermentering tillsätts ca 10 % kombucha från tidigare fermentering till den nya kombuchan. Alternativt kan pH sänkas med äppelcidervinäger. Man får oftast SCOBY liggandes i vätska, denna kan man tillsätta sin första kombucha-fermentering för att sänka pH.
För att få en kombucha som varken är för söt eller för sur så är den initiala sockerkoncentationen mycket viktig. För hög socker-koncentration leder till att kombuchanantingen blir för söt vid rätt surhetsgrad eller för sur men lagom söt. Detta är självklart enligtsmak och tycke. Om kombuchan ska göras på säg morotsjuice som innehåller relativt låg sötmakan man efter smak och tycke addera lite socker för att få kombuchan i rätt balans.
För att få ytterligare kolsyra efter att kombuchan är klar så stryper man syretillförseln genom atthälla över kombuchan i flaskor. Därmed kommer bakterierna inte kunna bilda mer syror men jästen producerar fortfarande koldioxid och etanol och sänka sockerhalten lite. Här kan ytterligare socker alternativt fruktpuré läggas i för att ge smak och öka sockerhalten.
SCOBYn förvaras i en 20 % sockerlösning som bör bytas alternativt fyllas på med några veckorsmellanrum. Koka 800 gram vatten och 200 gram socker tills sockret löser sig och låt svalna till30-20 °C.